S. Filippo Neri nacque a Firenze nel 1515. A 18 anni fu mandato a S. Germano, l'attuale Cassino, presso lo zio Romolo, ricco commerciante del posto, ma dopo due anni si trasferì a Roma. Giunse nell'Urbe nel 1534 quando erano ancora vivi i ricordi del "Sacco" subito dalla città nel 1527 e andò ad abitare nel rione S. Eustachio alla Dogana Vecchia. A Roma Filippo studiò all'Arciginnasio della Sapienza prima e presso gli Agostiniani poi. Nella Pentecoste del 1544 presso le catacombe di S. Sebastiano, mentre era in preghiera fu colpito al torace da un globo di fuoco che gli ruppe due costole. Questo fatto straordinario gli lasciò un tremore interno permanente, palpitazioni al cuore e un desiderio immenso di compiere la volontà divina. Nel 1551 riceve l'ordinazione sacerdotale e nel 1552, colpito dalla morte di S. Francesco Saverio, l'apostolo d'Oriente, voleva recarsi in India per diventare missionario, ma un padre cisterciense lo dissuase facendogli capire che per lui le Indie erano a Roma. Nel 1553 viene ammesso come cappellano a S. Girolamo.

L'Arciconfraternita della Carità aveva ricevuto da Clemente VII, nel 1524, la chiesa e la casa dove la tradizione segnala che abbia abitato S. Girolamo durante il suo soggiorno chiamato a Roma dal Papa Damaso alla fine del IV secolo. La chiesa fu allora officiata da un gruppo di 14 sacerdoti secolari che svolgevano le funzioni di cappellani del sodalizio. In questa comunità entrò Filippo Neri dopo la sua ordinazione sacerdotale. Cominciò così un periodo di grande fervore religioso intorno a S. Girolamo favorito dalla presenza di Filippo. Attorno a lui si racolse un piccolo gruppo di amici e penitenti. A S. Girolamo si incontrava con amici e coetani e incontrò gli uomini più illuminati del suo tempo, come: S. Ignazio di Loyola, S. Felice da Cantalice, S. Carlo Borromeo, Santa Caterina de' Ricci, S. Camillo de Lellis ed altri. San Filippo fece di S. Girolamo il centro di tante iniziative pastorali: istituì il suo Oratorio, iniziò la pratica delle "Quarant'ore" per incrementare il culto Eucaristico, la visita alle Sette Chiese, di modo che la stanzetta risultò troppo ristretta e fu necessario adattare a sala di incontro il granaio posto sopra la navata destra della chiesa.

Per quanto riguarda allo spirito di letizia, proprio di S. Filippo, il santo - aiutato da Giovanni Animuccia - cominciò a incoraggiare i giovani a S. Girolamo, a fare delle piccole rappresentazioni artistiche, tra le quali furono importanti quelle musicali che hanno dato forma a quel tipo di musica sacra propria dell'oratorio filippino con autori come lo stesso Giovanni Pierluigi da Palestrina, Felice Anerio e Tommaso da Victoria, tutti amici di S. Filippo e l'ultimo maestro organista a S. Girolamno. Tornando all'Oratorio si può dire che esso ha assunto una sua prima e autonoma configurazione quando, nel 1563, Filippo Neri accettò il Rettorato di S. Giovanni dei Fiorentini e vi costituì il primo nucleo di sacerdoti oratoniani: Cesare Baronio, Francesco Tarugi, Antonio Gallonio, ecc.

La Congregazione dell'Oratorio si era da tempo spostata nel complesso di S. Maria in Vallicella, ma Filippo non riusciva a decidersi al trasferimento. Per il Santo, la "casa" era S. Girolamo e solo il 22 novembre 1583 su richiesta esplicita del Pontefice, si trasferì alla Chiesa Nuova organizzando una strana processione: gli abitanti della zona videro passare Filippo portando in mano un mestolo ed un fiasco seguito dai suoi con gli umili attrezzi di casa: erano passati più di 30 anni!