S. Girolamo, dal XVI secolo in poi, tutto si è abbastanza semplificato perchè le vicissitudini della chiesa sono strettamente legate a quelle dell'Arciconfraternita della Carità nei cui documenti d'archivio è scritta la storia di una benemerita istituzione e con essa quella degli interventi sulla chiesa. Inoltre il complesso edilizio di S. Girolamo è da quell'epoca anche strettamente legato alla vicenda umana e spirituale in Roma di un grande santo, Filippo Neri, che vi ha abitato per ben trentatrè anni.